|
|
Development of pulse labelling technology for studying the dynamics of protein complexes.
Fiala, Jan ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Preisler, Jan (oponent) ; Sosic, Alice (oponent)
(IN CZECH) Strukturní hmotnostní spektrometrie (MS) je progresivní metoda současné strukturní biologie pro charakterizaci biomolekul. Ačkoli techniky založené na MS poskytují pouze informace "s nízkým rozlišením" ve srovnání s klasickými strukturálními metodami, jako je rentgenová krystalografie, elektronová mikroskopie nebo nukleární magnetická rezonance, její jedinečnost spočívá ve schopnosti snadno získat strukturní informace o různých biomolekulách v jejich nativním prostředí. Využitím různých přístupů, od kovalentního značení proteinů, přes chemické síťování až po iontovou mobilitu, umožňuje strukturní MS pohled na strukturu a dynamiku proteinů a jejich komplexů v čase. Tato práce je věnována vývoji nových přístupů strukturní MS, které jsou založeny na pulzním kovalentním značením a chemickém síťování. S využitím vyvinutého mikrofluidního reaktoru byl proveden "footprinting" povrchu proteinů a proteinových komplexů v časovém rozsahu od několika mikrosekund až po jednotky sekund. V této práci byly konkrétně použity rychlá fotochemická oxidace proteinů (FPOP) a nově vyvinutá technika rychlé fluoroalkylace proteinů (FFAP) pro sledování strukturních změn myoglobinu způsobených uvolněním prostetické skupiny hemu. Dále byly tyto metody úspěšně aplikovány k lokalizaci interakčního rozhraní biologicky...
|
|
|
Strukturní NMR studie proteinových komplexů
Hexnerová, Rozálie ; Veverka, Václav (vedoucí práce) ; Hrabal, Richard (oponent) ; Hlouchová, Klára (oponent)
Protein-proteinové interakce se podílejí na celé řadě biologických procesů. Podrobná charakterizace jejich strukturní podstaty je důležitým nástrojem k pochopení s nimi spojených základních molekulárních mechanismů. Získané informace jsou důležité nejen pro biologii, ale také hrají důležitou roli při hledání míst vhodných pro terapeutickou intervenci. Ve strukturní biologii je nukleární magnetická rezonanční spektroskopie (NMR) spolu s rentgenovou krystalografií a jednočásticovou kryo-elektronovou mikroskopií jednou z klíčových technik s vysokým rozlišením. Její použití fyzicky limitováno velikostí studovaných molekul, ale tuto nevýhodu vynahrazuje unikátní možností pracovat s dynamickými nebo heterogenními systémy. V této disertační práci byla pro detailní strukturní charakterizaci vybraných biologicky významných proteinů a jejich komplexů využitá právě NMR poskytující důležité informace o jejich biologických rolích. Ve třech různých projektech jsem studovala (i) vztah mezi strukturními účinky konkrétních modifikací inzulínového růstového faktoru II (IGF-II) a jejich selektivitou k receptorům inzulinové osy, (ii) specifický vazebný mechanismus domény SH3 adaptorového proteinu CAS, a (iii) strukturní podstatu vazby fosfatidylinositol 4-kinázy beta (PI4KIIIβ) na buněčnou membránu. Pro strukturní...
|
|
|
Vliv peptidů a proteinů produkovaných sinicí Microcystis aeruginosa na koagulaci
Barešová, Magdalena ; Pivokonský, Martin (vedoucí práce) ; Janda, Václav (oponent)
Diplomová práce je zaměřena na objasnění mechanismů podílejících se na koagulaci peptidových a proteinových COM (Cellular Organic Matter) produkovaných sinicí Microcystis aeruginosa a na popis jejich vlivu na koagulaci hydrofobní kaolínové suspenze. Na základě výsledků koagulačních pokusů bylo prokázáno, že účinnost koagulace COM peptidů/proteinů i kaolínových částic je silně závislá na hodnotě pH, která určuje nábojové charakteristiky peptidů/proteinů, kaolínu a produktů hydrolýzy koagulačního činidla a tedy i převládající mechanismy interakcí mezi nimi. Účinné koagulace a nejvyššího odstranění COM peptidů a proteinů bylo dosaženo v rozmezí pH 4-6 v důsledku nábojové neutralizace záporně nabitého povrchu peptidů/proteinů kladně nabitými produkty hydrolýzy železitého koagulačního činidla. Peptidy a proteiny za těchto reakčních podmínek také pozitivně ovlivnily koagulaci kaolínových částic. Jako dominantní mechanismy koagulace byly za těchto podmínek určeny nábojová neutralizace a adsorpce. Bylo prokázáno, že při nízkém koncentračním poměru COM peptidů/proteinů a koagulačního činidla (COM/Fe < 0,33) dochází ke koagulaci peptidů/proteinů v rozsahu pH 6-8 mechanismem adsorpce peptidů/proteinů na částicích hydratovaných oxidů železa, který popisuje elektrostatický patch model. Naopak při vysokém poměru...
|
host ::
RSS.